Защита конфиденциальности при сборе личных данных в России организована таким образом, что серьезно затрудняет использование биомедицинских больших данных. Владельцем своих биомедицинских ПД является пациент. Человек подписывает разрешение на обработку ПД (информированное согласие) при обращении в любую организацию, где идет сбор данных. Обрабатывать их может только та организация, которой он это разрешил, и только для тех целей, которые указаны в письменном разрешении или предусмотрены федеральным законом. Создание ИИ не является медицинской услугой, поэтому заниматься подобной деятельностью в российских лечебных учреждениях нельзя. Развитие технологий невозможно без работы с большими массивами данных, объединяющими данные из локальных источников, поэтому стоит ожидать, что регламент работы с большими данными изменится. Важно регламентировать условия доступа к биомедицинским данным, не нарушив прав пациента. Развитие цифровой медицины ставит перед государством принципиальную этическую дилемму: сохранить за пациентом право на безграничное владение данными или точечно менять законодательство, разрешив обработку деперсонифицированных данных без запроса согласия пациента, но в конечном счете в интересах личности и общества.